Triển khai thực hiện đề án nêu trên, trong vai trò là đầu mối, cơ quan Hải quan đang tập trung hoàn thiện dự thảo Nghị định quy định về kiểm tra nhà nước về chất lượng, kiểm tra nhà nước về ATTP đối với hàng hóa nhập khẩu. Theo đó, những lợi ích cụ thể cần đạt được đó là: ứng dụng tối đa hệ thống công nghệ thông tin (CNTT) nhằm đơn giản hóa quy trình, thủ tục, hồ sơ kiểm tra bằng việc thực hiện trên Cổng thông tin một cửa quốc gia do cơ quan Hải quan quản lý, khi đó, thời gian kiểm tra được rút ngắn xuống còn tám giờ (hiện nay là 24 giờ). Ðồng thời, áp dụng đồng bộ ba phương thức kiểm tra (chặt, thông thường, giảm) cho cả lĩnh vực kiểm tra chất lượng, kiểm tra ATTP và thực hiện kiểm tra theo mặt hàng, nhằm cắt giảm số lô hàng nhập khẩu phải kiểm tra, bổ sung đối tượng được miễn kiểm tra chất lượng, kiểm tra ATTP. Bên cạnh đó, công khai minh bạch thông tin trên Cổng thông tin một cửa quốc gia để doanh nghiệp và người tiêu dùng có thể tra cứu tình trạng hàng hóa được miễn kiểm tra, được chuyển đổi phương thức kiểm tra hay hàng hóa được chứng nhận hợp quy, công bố hợp quy, công bố hợp chuẩn. Với hệ thống dữ liệu chung, cho phép chia sẻ, kết nối thông tin các cơ quan quản lý, các tổ chức đánh giá sự phù hợp để triển khai thủ tục kiểm tra, kịp thời chuyển đổi phương thức kiểm tra, bảo đảm quản lý nhà nước đối với hàng hóa nhập khẩu. Hơn nữa, còn tăng quyền cho người nhập khẩu, họ được lựa chọn cơ quan kiểm tra, được lựa chọn kiểm tra theo quy trình đối với hàng hóa thuộc danh mục kiểm tra sau thông quan; được lựa chọn tổ chức chứng nhận, giám định...
Công tác kiểm tra chuyên ngành (KTCN) thực phẩm nhập khẩu là trách nhiệm của nhiều bộ, ngành liên quan. Thế nhưng, hiện vẫn tồn tại nhiều bất cập, chủ yếu do sự chồng chéo giữa các cơ quan quản lý, cách hiểu và thực hiện chưa thống nhất trong các quy định, gây nhiều khó khăn cho doanh nghiệp. Nếu không có sự vào cuộc quyết liệt, tích cực, chủ động phối hợp hiệu quả giữa các bộ, ngành quản lý chuyên ngành với cơ quan Hải quan thì khó tạo bước đột phá trong công tác này. Do đó, cần thực hiện nghiêm chỉ đạo tại Quyết định số 38/QÐ-TTg của Thủ tướng Chính phủ, trong đó, khẩn trương rà soát các mặt hàng thuộc diện KTCN để cắt giảm và khắc phục triệt để tình trạng chồng chéo trong quản lý và kiểm tra giữa các bộ quản lý ngành, lĩnh vực. Rà soát, xây dựng, trình Chính phủ, Quốc hội sửa đổi các văn bản quy phạm pháp luật trong lĩnh vực KTCN, xây dựng nghị định quy định về cơ chế quản lý, phương thức, trình tự, thủ tục kiểm tra chất lượng và kiểm tra ATTP đối với hàng hóa nhập khẩu để làm cơ sở pháp lý triển khai các nội dung cơ bản cải cách trong Ðề án. Các bộ phối hợp với Bộ Tài chính xây dựng cơ sở dữ liệu tập trung về quản lý rủi ro, hoàn thiện cơ chế áp dụng quản lý rủi ro để chia sẻ, tích hợp thông tin giữa các bên tham gia về chất lượng, ATTP; xây dựng, nâng cấp các chức năng của hệ thống CNTT phục vụ thu thập thông tin, phân tích, đánh giá rủi ro, kịp thời phát hiện, ngăn chặn, xử lý những lô hàng nhập khẩu không đạt chất lượng, ATTP. Tăng cường phối hợp, kết nối, chia sẻ thông tin giữa khâu kiểm tra trước và sau thông quan, bộ quản lý ngành, lĩnh vực tăng cường cảnh báo hàng hóa có rủi ro, nguy cơ, kịp thời thông báo cho cơ quan Hải quan để ngăn chặn, phòng ngừa ngay tại cửa khẩu.