Theo quyển “Tân Châu xưa” của nhà nghiên cứu Nguyễn Văn Kiềm, con sông này xưa là đường loài voi hay đi, lâu dần thành lạch nhỏ, do bị áp lực của sông Tiền và sông Hậu chảy xiết xoáy vào trở thành sông lớn. Sông Vàm Nao nổi tiếng là “ổ cá mập”, phu đào kinh Vĩnh Tế khi trốn đến đây lội qua con sông này từng bị làm mồi cho cá dữ.
Dòng sông bên lở bên bồi, theo thời gian, Vàm Nao từ sông nhỏ thành dòng sông lớn, có tên tuổi và góp vào dòng chảy Cửu Long bất tận. Do nằm ở vị trí nối hai con sông Tiền và sông Hậu cho nên sông Vàm Nao có vai trò quan trọng trong hệ thống giao thông đường thủy, ghe tàu qua lại tấp nập. Sông Vàm Nao chảy qua các xã Kiến An, Mỹ Hội Đông (huyện Chợ Mới) và xã Tân Trung (huyện Phú Tân), hình thành nên xóm làng nghề bắt cá bông lau lớn nhất khu vực; nhánh khác chảy qua xã Bình Thủy (huyện Châu Phú) tạo nên xóm lưới bắt cá hô độc đáo vùng Tây Nam Bộ.
Ngư dân vùng Đồng bằng sông Cửu Long nhiều người dù chưa đến nhưng đều biết Vàm Nao là sông có nguồn cá đa dạng. Lý giải chuyện Vàm Nao là sông nước ngọt, nhưng sách xưa lại ghi chép là “ổ cá mập” trong khi các sông khác trong cùng hệ thống sông Mê Công không có hiện tượng này, ông Phan Văn Thứ, ngụ xã Bình Thủy, huyện Châu Phú từng sống với nghề cá cho biết: Mấy chục năm trước, khi đánh bắt cá, tôm trên sông Vàm Nao, ông và các ngư dân hay bắt được các loài cá biển có trọng lượng nhỏ như cá mập, cá đao; người trong vùng cũng hay bàn luận sôi nổi vì sao sông nước ngọt có cá biển, nhưng vẫn không thể truy ra loài cá này tới từ đâu? Đến năm 2000 vẫn có ngư dân bắt được cá mập, nhưng từ năm 2002 trở về sau không thấy nữa.
Ông Phạm Văn Hổ ngụ ấp Vàm Nao, xã Tân Trung, huyện Phú Tân nhớ lại, ngày trước sông Vàm Nao được ví như “ngôi nhà” của các loài cá nước ngọt vì loài nào cũng có; là nơi có nhiều cá nước ngọt “khổng lồ”, một con cân nặng từ 100 kg trở lên như cá hô, cá đuối, cá tra dầu, cá vồ cờ, cá nược; cho nên các cụ lão dự đoán đáy sông sâu có nhiều hang hốc cho chúng trú ẩn. Ngư dân sống ở Vàm Nao đánh bắt cá suốt năm, mùa nước nổi thì bắt cá linh ủ làm nước mắm; hết mùa thì bắt cá bông lau, cá lăn, cá cơm... Nhắc chuyện xưa, ngư dân Lê Văn Sáu, ngụ xã Tân Trung cho biết: Sông Vàm Nao vẫn như xưa, nhưng nguồn cá không còn dồi dào, các loài cá “khổng lồ” đã biến mất, cá bông lau có giá trị kinh tế cũng giảm dần. Mùa khô, ngư dân đánh bắt được nhiều cá cơm nhưng giá trị kinh tế không cao như các loài cá khác.
Giờ đây, dọc theo sông gặp dòng nước trong xanh chảy lững lờ, khó ai hình dung trước đây Vàm Nao là con sông dữ. Các thương hồ qua lại đoạn sông trong mùa nước nổi (còn gọi mùa nước lũ) đều ngán ngại bởi nước Vàm Nao chảy xoáy mạnh, nhấn chìm ghe. Con sông dữ ngày nào đã trở nên hiền hòa, sự đổi thay ấy bắt đầu từ các dự án kiểm soát lũ được triển khai. Theo ngành nông nghiệp, dự án kiểm soát lũ bắc Vàm Nao triển khai từ năm 2002 tại huyện Phú Tân và một phần thị xã Tân Châu với diện tích 30.836 ha; dự án nam Vàm Nao triển khai từ năm 2009 tại huyện Chợ Mới nhằm kiểm soát lũ triệt để cho khoảng 30.000 ha đất nông nghiệp. Đến nay, các địa phương trong vùng dự án không còn ngập lụt khi lũ về, nhờ hệ thống thủy lợi nội đồng phát triển nên nông dân chủ động sản xuất, kiểm soát tưới và tiêu nước...
Theo cán bộ Phòng Văn hóa và Thông tin huyện Phú Tân, sau khi kiểm soát lũ, sông Vàm Nao trở nên hiền hòa, một số vùng trũng như ấp Vàm Nao, xã Tân Trung bị ngập trong mùa nước nổi tạo nên nét đặc thù của vùng sông nước. Vào mùa nước nổi, du khách hay về đây ngao du; cùng ngư dân trải nghiệm dỡ chà, kéo lưới bắt cá, mò ốc, hái củ ấu... Nếu được khai thác và đầu tư, vùng Vàm Nao sẽ thành điểm du lịch sông nước thú vị trong mùa khô và mùa nước nổi, mang nét đặc trưng riêng của vùng sông nước An Giang.