Theo VCCI, chính sách này có thể tạo ra bất bình đẳng giữa hàng hóa nhập khẩu và sản xuất trong nước, do phần lớn hàng hóa thương mại điện tử hiện nay có giá trị nhỏ, dẫn đến miễn thuế trên diện rộng.
Trong khi đó, các doanh nghiệp trong nước vẫn phải nộp thuế với nguyên liệu nhập khẩu để sản xuất, gây chênh lệch về chi phí và cạnh tranh không lành mạnh. VCCI cũng lưu ý, việc miễn giấy phép, kiểm tra chuyên ngành cho hàng hóa nhập khẩu dưới 1 triệu đồng có thể tạo kẽ hở trong kiểm soát chất lượng.