Năm 2006, Thủ tướng Chính phủ đã quyết định thành lập và ban hành quy chế hoạt động khu kinh tế (KKT) Vân Phong, tổng diện tích 150 nghìn ha. Tiếp đó, Thủ tướng Chính phủ phê duyệt nhiệm vụ điều chỉnh quy hoạch xây dựng chung KKT Vân Phong đến năm 2030, theo hướng điều chỉnh tính chất KKT Vân Phong là KKT tổng hợp đa ngành, đa lĩnh vực. Thủ tướng Chính phủ cũng phê duyệt bốn Khu công nghiệp (KCN) trên địa bàn tỉnh Khánh Hòa; trong đó có hai KCN nằm trong KKT Vân Phong và hai KCN nằm ngoài địa bàn KKT, tạo chuỗi bốn KCN ở các vị trí hợp lý thu hút đầu tư; phát triển sản xuất, kinh doanh trên địa bàn.
Chủ tịch UBND tỉnh Khánh Hòa Lê Đức Vinh cho biết, tại Kết luận số 53-KL/TW ngày 24-12-2012, Bộ Chính trị đã đồng ý chủ trương xây dựng tỉnh Khánh Hòa trở thành đô thị trực thuộc T.Ư và xây dựng Đặc khu HC-KT Bắc Vân Phong. Đặc khu HC-KT Bắc Vân Phong sẽ ưu tiên phát triển bốn nhóm ngành nghề lợi thế: Công nghiệp dịch vụ cảng biển và logistics; dịch vụ tài chính quốc tế (ngân hàng, quỹ đầu tư tài chính, bảo hiểm,…) hướng tới hình thành trung tâm tài chính quốc tế; du lịch cao cấp, có ca-si-nô, khu giải trí đẳng cấp quốc tế và công nghiệp khoa học - kỹ thuật công nghệ cao.
Ngày 5-12-2016 vừa qua, Chính phủ ban hành Nghị quyết số 103/NQ-CP về một số nội dung kết luận tại phiên họp Chính phủ thường kỳ tháng 11-2016. Theo đó, Chính phủ thống nhất nguyên tắc xây dựng mô hình ba đơn vị HC-KT đặc biệt gồm Vân Đồn (Quảng Ninh), Bắc Vân Phong (Khánh Hòa) và Phú Quốc (Kiên Giang), theo định hướng mỗi đơn vị lựa chọn phát triển thế mạnh riêng có, nhằm khai thác cao nhất tiềm năng, lợi thế so sánh của mỗi đơn vị; tạo động lực phát triển mới, bảo đảm phân bổ nguồn lực theo vùng; tạo hiệu ứng lan tỏa trên phạm vi cả nước. Chính phủ giao UBND các tỉnh chủ trì, phối hợp Bộ Kế hoạch và Đầu tư và các bộ, cơ quan liên quan, hoàn thiện các đề án đơn vị HC-KT đặc biệt; đề xuất cấp có thẩm quyền các cơ chế, chính sách đặc thù để xây dựng các dự án Luật đơn vị HC-KT đặc biệt cho từng đơn vị; giao Bộ Kế hoạch và Đầu tư chủ trì, phối hợp các bộ, ngành, địa phương liên quan khẩn trương hoàn thiện báo cáo về các đề án; đề xuất các nhóm cơ chế, chính sách kinh tế ưu đãi đặc thù áp dụng cho các đơn vị HC-KT đặc biệt.
Đại hội Đảng bộ tỉnh Khánh Hòa lần thứ 17, nhiệm kỳ 2015 - 2020 đề ra nhiều nội dung, giải pháp cụ thể về việc tập trung xây dựng và hoàn thành Đề án tổng thể Đặc khu HC-KT Bắc Vân Phong. Tỉnh ủy Khánh Hòa đã ban hành và triển khai Nghị quyết riêng về việc thực hiện Kết luận số 53-KL/TW, nhằm tập trung lãnh đạo, chỉ đạo phù hợp điều kiện cụ thể của từng ngành, lĩnh vực, địa phương; chú trọng phát triển đô thị vừa và nhỏ đi đôi với đẩy nhanh tiến độ xây dựng hạ tầng đô thị thiết yếu; tập trung đầu tư các dự án quan trọng, then chốt; trong số đó, có một số dự án đã đưa vào hoạt động, đem lại hiệu quả ban đầu.
Theo Trưởng Ban quản lý KKT Vân Phong Hoàng Đình Phi, tính đến thời điểm này, KKT Vân Phong đã thu hút được 143 dự án, tổng mức vốn đăng ký 1,5 tỷ USD; vốn thực hiện 630 triệu USD, đạt 42% số vốn đăng ký; trong đó có 27 dự án FDI, vốn đăng ký 533 triệu USD, chiếm 34% số vốn đăng ký vào KKT. Năm 2016, doanh thu các doanh nghiệp trong KKT Vân Phong (bao gồm cả KCN Ninh Thủy) đạt hơn 505 triệu USD, tăng 21,3% so cùng kỳ. Tỉnh Khánh Hòa gắn việc thực hiện Kết luận số 53-KL/TW với tiếp tục phát triển nhanh ba vùng kinh tế trọng điểm. Riêng khu vực vịnh Vân Phong, tiếp tục hoàn tất, trình cấp có thẩm quyền phê duyệt và triển khai thực hiện Đề án Đặc khu HC-KT Bắc Vân Phong; thu hút đầu tư đối với các tập đoàn kinh tế lớn trên thế giới có các ngành, nghề phù hợp với nhóm ngành ưu tiên phát triển trong KKT; đẩy nhanh tiến độ giải phóng mặt bằng, sớm giao đất sạch cho nhà đầu tư thực hiện dự án; hoàn thành các dự án hạ tầng giao thông, điện, nước,… theo quy hoạch đã được phê duyệt. Theo đề án của tỉnh, Đặc khu HC-KT Bắc Vân Phong có tổng diện tích khoảng 66 nghìn ha, trong đó có 19 nghìn ha đất liền, các đảo và 47 nghìn ha mặt nước thuộc địa bàn huyện Vạn Ninh. Mục tiêu phát triển của Đặc khu HC-KT Bắc Vân Phong là trung tâm dịch vụ - du lịch lớn, hiện đại của khu vực và quốc tế; tạo động lực để phát triển kinh tế của tỉnh Khánh Hòa và khu vực Nam Trung Bộ và Tây Nguyên.
Tại buổi làm việc với Phó Thủ tướng Thường trực Chính phủ Trương Hòa Bình về việc thành lập Đặc khu HC-KT Bắc Vân Phong và xây dựng dự án Luật đơn vị HC-KT đặc biệt, Chủ tịch UBND tỉnh Lê Đức Vinh nêu ý kiến: Nên chọn giải pháp xây dựng Luật chung cho cả ba đặc khu HC-KT (Bắc Vân Phong, Vân Đồn, Phú Quốc), kết hợp quy định một số nội dung, cơ chế, chính sách cho từng đơn vị. Về thiết chế, cơ chế, nên áp dụng mô hình chính quyền địa phương một cấp trực thuộc T.Ư đối với Đặc khu HC-KT Bắc Vân Phong; nên chọn nhà đầu tư có năng lực, kinh nghiệm để quy hoạch, đầu tư hạ tầng Đặc khu HC-KT Bắc Vân Phong, sau đó kêu gọi các nhà đầu tư, doanh nghiệp vào triển khai dự án.