Điều đáng nói là tất cả các tàu, thuyền, nhà nổi đều hoạt động trái phép, vì chưa được cấp giấy phép mở bến thủy nội địa. Đại diện Công ty CP Sông Potomac - một trong những đơn vị có nhà nổi hoạt động tại đây thừa nhận, tình trạng này đã diễn ra hơn bốn năm nay, các doanh nghiệp đã nhiều lần làm thủ tục xin cấp giấy phép mở bến thủy nội địa gửi Phòng Quản lý đường thủy (Sở Giao thông vận tải Hà Nội) nhưng chưa được các cơ quan chức năng chấp thuận. Giám đốc Công ty TNHH Du thuyền Hồ Tây cũng cho biết, từ năm 2009, thực hiện chỉ đạo của UBND thành phố về giải tỏa bến thủy ở đường Thanh Niên, các doanh nghiệp đã di dời thuyền về khu vực phía sau vườn hoa Lý Tự Trọng. Trong năm 2009, các đơn vị vẫn được cấp giấy phép mở bến thủy nội địa. Tuy nhiên, đến năm 2010, việc gia hạn giấy phép bị tạm dừng đến tận thời điểm này. Chính vì vậy, cứ vào mùa mưa bão hằng năm, khi lực lượng Thanh tra đường thủy (Sở Giao thông vận tải) phối hợp Phòng Cảnh sát Giao thông đường thủy (Công an Hà Nội) ra quân kiểm tra an toàn các phương tiện thủy, trong đó có các phương tiện hoạt động trên Hồ Tây, thì các doanh nghiệp ở đây đều bị phạt vì không có giấy phép.
Tại sao bất cập này kéo dài như vậy? Có vướng mắc gì trong việc cấp phép mở bến thủy nội địa cho các doanh nghiệp? Về vấn đề này, Phó Chánh Thanh tra Giao thông vận tải Hà Nội Cao Văn Hiệp cho biết, Sở Giao thông vận tải đã nhận được hồ sơ xin cấp phép hoạt động bến thủy nội địa của các doanh nghiệp đang kinh doanh trên Hồ Tây, nhưng do hiện nay quy hoạch khu vực mở bến thủy nội địa trên Hồ Tây (tại khu vực đầm Bẩy, phường Nhật Tân) do Ban quản lý Hồ Tây (quận Tây Hồ) thực hiện chưa hoàn thành. Sau khi có quy hoạch bến, sẽ triển khai dự án xây dựng cầu cảng nội địa, Sở Giao thông vận tải mới có căn cứ pháp lý để cấp phép mở bến thủy cho các doanh nghiệp.
Như vậy, chính sự chậm trễ trong quy hoạch mở bến thủy nội địa ở Hồ Tây dẫn đến tình trạng các cơ quan chức năng đành phải chấp nhận tình trạng "phạt cho tồn tại" những tàu thuyền, nhà nổi ở Hồ Tây trong nhiều năm nay, gây ra những bức xúc trong dư luận và không ít khó khăn cho doanh nghiệp.
Hồ Tây có diện tích lớn, mỗi khi mưa to gió lớn rất dễ xảy ra tai nạn đối với các phương tiện hoạt động trên hồ. Cơn mưa dông kèm lốc xoáy chiều 4-6 đã làm hai thanh niên đang chèo thuyền trên hồ bị lật thuyền, tử vong do đuối nước. Khu vực nhà nổi, nhà thuyền có kinh doanh dịch vụ ăn uống hoạt động tạm thời tại khu vực hiện nay thường hay tập trung đông người đến vui chơi, giải trí, ngắm cảnh, nếu xảy ra tai nạn thì hậu quả khó lường. Chính vì vậy, Ban quản lý Hồ Tây cần sớm hoàn thành quy hoạch mở bến thủy, xây dựng cầu cảng và các công trình hạ tầng xử lý nước thải, để các cơ quan quản lý nhà nước sớm có căn cứ pháp lý cấp phép cho các doanh nghiệp, bảo đảm an toàn giao thông đường thủy, cũng như hạn chế tác động đến môi trường hồ từ nguồn nước thải của các công trình nổi trên hồ.